La década de los 90 vio el inicio del trabajo del Movimiento por la Paz en los ámbitos de la cooperación al desarrollo y la acción humanitaria. En el primero de los ámbitos, nuestra primera intervención fue el proyecto “Niños rotos” en El Salvador, ejecutado en el marco de los Acuerdos de Paz de San José.

En cuanto a la acción humanitaria, la guerra en la antigua Yugoslavia fue el marco en el que comenzamos nuestro trabajo humanitario. Atendimos a los miles de refugiados de la ex Yugoslavia que vinieron a España y se prestó especial atención a los menores que vinieron en periodos de vacaciones.

Durante el conflicto, el Movimiento por la Paz comenzó a prestar ayuda humanitaria a las víctimas y fuimos una de las primeras ONG que firmó el contrato de partenariado con la Oficina de Acción Humanitaria de la Unión Europea –ECHO-, para trabajar con la población desplazada y refugiada de Bosnia, Croacia y Serbia, entendiendo el carácter de víctimas de todas las partes del conflicto, cualesquiera que fuera su etnia o religión.

Igualmente, la organización comenzó a prestar ayuda humanitaria para paliar las consecuencias de catástrofes naturales como el huracán "Mitch".

Por otro lado, el Movimiento por la Paz se plantea a mediados de la década de los 90 comenzar a trabajar en el campo de la solidaridad dentro de nuestras fronteras, y lo hace centrando su atención en la población inmigrante. La atención y colaboración con los colectivos en riesgo de exclusión social, y la lucha contra el racismo y la xenofobia fueron y siguen siendo los principales ámbitos de trabajo del Departamento de Acción Social, constituido en 1996. En todo este trabajo se ha puesto una especial atención a los problemas que las mujeres tenían y tienen en todo este contexto.

Además, la Educación para la Paz fue desde el principio una de las áreas centrales de actividad de la organización, promoviendo los valores que la organización defiende con toda su actuación entre la población infantil y juvenil mediante el trabajo en escuelas e institutos.